הרב דוד מצגר עסק שנים רבות בחינוך ומילא מגוון תפקידים בתחום: מורה, סגן מנהל, מנהל בי"ס, מנהל מכללה ומפקח על בתי הספר. על פעילותו הענפה בתחום החינוך קיבל "פרס חינוך" מאת השר אהרון ידלין.
מצגר כיהן כמנכ"ל המועצה הדתית במשך 26 שנים ובמסגרת תפקידו דאג לטפח קשר הדוק בין מנהיגי הדתות ולאחד בין מגזרי האוכלוסייה השונים בחיפה.
מצגר שימש כיו"ר "אשכול" המועצות הדתיות בחיפה והאזור והינו חבר בהנהלת עמותות השתלמות לציבור העובדים המנהלי והאקדמי, מח"ר.
במהלך השריפה שפרצה בשנת 2016 בחיפה, הקים משלחת רחבה של מנהיגים מכל הדתות אשר ערכה סיורים בשכונות והציע סיוע למאות משפחות שאת חלקן הוא מלווה עד היום.
הרב מצגר הקים בחגים "במות שמחה" לציבור הדתי בחיפה, סייע להקמה ושיפוץ בתי כנסת ומקוואות, ארגן סדרי פסח שכונתיים ובמהלך מגפת הקורונה עזר למשפחות רבות בחלוקת מזון וציוד נוסף לו הם נזקקו.
מצגר כתב, ערך והוציא לאור את בטאון המועצה הדתית ובנוסף, יזם "שבתות חזנות" וקונצרטים בחיפה במטרה להפיץ את השירה והמוסיקה היהודית.
"לקבל את תואר יקיר העיר זו הרגשה נעימה. בילדותי בחיפה הייתי הולך לקורסים וחוגים וכל תעודה שהבאתי, אימי ז"ל הייתה אומרת שהיא שמחה בה. אני בטוח שהיא שמחה גם עכשיו כשקיבלתי את יקיר העיר. הפירוש של השם של העיר חיפה זה חוף יפה, אבל חיפה היא לא רק חוף יפה, היא גם נוף יפה וגם נוף אנושי יפה. יש לנו נוף אנושי מקסים בחיפה, יש פה שבט אחים גם יחד, שבט אחים של כל העדות".
